全自動細(xì)胞計數(shù)儀的計數(shù)方法：
 

　　(1)臺盼藍(lán)染色法
 

　　臺盼藍(lán)染色是分別計數(shù)死亡細(xì)胞和活細(xì)胞的方法之一。染色的原理是臺盼藍(lán)無法穿透活細(xì)胞的完整細(xì)胞膜，因此活細(xì)胞不被染色；然而，死亡細(xì)胞的細(xì)胞膜被破壞，染料通過細(xì)胞膜在細(xì)胞中富集，使細(xì)胞變藍(lán)。然而，臺盼藍(lán)染色可能無法準(zhǔn)確區(qū)分有核細(xì)胞和細(xì)胞碎片，因此它傾向于低估細(xì)胞總數(shù)并高估細(xì)胞生存能力。
 

　　(2)熒光細(xì)胞計數(shù)法
 

　　吖啶橙/碘化丙啶(AO/PI)染色原理：活細(xì)胞通過AO染色發(fā)出綠色熒光，而死細(xì)胞通過PI染色發(fā)出紅色熒光。重要的是，對于具有復(fù)雜背景的細(xì)胞，例如外周血單核細(xì)胞，具有更多細(xì)胞片段或簇的細(xì)胞數(shù)量可以避免檢測到細(xì)胞片段。這種方法最近也被應(yīng)用于單細(xì)胞基因組學(xué)，其中綠色對應(yīng)于完整的細(xì)胞，紅色對應(yīng)于成功分離的細(xì)胞核。該策略允許研究人員計算未裂解的剩余細(xì)胞在細(xì)胞總數(shù)中的百分比，并計數(shù)細(xì)胞核以指示樣品質(zhì)量，幫助研究人員確定是否繼續(xù)單細(xì)胞基因組學(xué)過程。
 

　　全自動細(xì)胞計數(shù)儀在單細(xì)胞測序中的應(yīng)用如下：
 

　　單細(xì)胞基因組學(xué)技術(shù)目前正在全面應(yīng)用，如單細(xì)胞RNA測序(scRNA-seq)和染色質(zhì)轉(zhuǎn)座酶可及性測序(ATAC-seq)。與對大量細(xì)胞進(jìn)行測序的傳統(tǒng)方法相比，單細(xì)胞基因組學(xué)技術(shù)突出了細(xì)胞之間的差異，這有助于更深入地了解樣本材料。例如，scRNA-seq可以比較健康和患病狀態(tài)的轉(zhuǎn)錄譜，而ATAC-seq可以解釋染色質(zhì)的可及性及其對基因表達(dá)的影響。
 

　　然而，這些研究都需要對分離的細(xì)胞核進(jìn)行精確計數(shù)，因為文庫制備需要少量未裂解的細(xì)胞，并且樣品中沒有細(xì)胞團塊和碎片。此外，許多單細(xì)胞基因組學(xué)技術(shù)需要完整的細(xì)胞核才能正常工作。